早在元代（1284年），中亚薛迷思干（前苏联撒马尔罕）的马薛里吉思就在杭州荐桥门建造大普兴寺。田汝成《西湖游览志》卷十三有“清波门在城东，宋名崇新门，俗称荐桥门”这是基督教的远东支派景教传入杭州的最早记录（至顺镇江至卷九）。近代基督教传入杭州是在太平天国时期，以宁波为入口渐次进至杭州。

杭州市基督教团体有：杭州市基督教三自爱国运动委员会、杭州市基督教协会。